两者分属不同层级。专精特新"小巨人"是工业和信息化部按《优质中小企业梯度培育管理办法》认定的一层资质，考察企业当下的营收规模、研发投入、知识产权、细分市场占有率与质量评价得分，有效期三年、到期复核。

重点"小巨人"是财政部与工信部联合实施的中央财政支持专项，新一轮依据为《关于进一步支持专精特新中小企业高质量发展的通知》（财建〔2024〕148 号），聚焦重点产业链、工业"六基"、战略性新兴产业、未来产业领域，考察企业未来三年的推进计划、投资安排与绩效目标，实行事前立项、事后验收。

两者为前后级关系：须先取得有效期内的专精特新"小巨人"，方具备申报重点"小巨人"的资格。